В декабре 1903 года Владимир Васильевич сделал в Химическом обществе в Петербурге обширный доклад о своих последних научных работах. 11 февраля 1904 года В. В. Марковникова не стало.
В. В. Марковников оставил после себя знаменитую Марковниковскую школу химиков. Многие ученики В. В. Марковникова стали впоследствии известными всему миру учеными.